給与計算の「所得税」計算方法をわかりやすく解説！税額表の見方や扶養人数の数え方

「源泉徴収の仕組みが複雑で不安」
「もし計算ミスをしたらどうなる？」

 従業員の給与から所得税を差し引いて納税する「源泉徴収」は、雇用主にとって所得税法上で定められた極めて重要な法的義務です。

この業務は単なる算術作業ではありません。
非課税枠の判定や扶養親族の正確な把握、そして度重なる法改正への適応など、実務担当者には高い専門性が求められます。
万が一計算ミスが発生すれば、従業員との信頼関係を揺るがすだけでなく、税務署からの指摘や延滞税の発生といった経営リスクに直結する恐れもあります。

この記事では、源泉徴収の基礎知識から、実務における注意点、そしてリスクを回避するためのポイントを分かりやすく解説します。

給与計算における「所得税（源泉所得税）」の基本

所得税は「見込み額」を天引き（源泉徴収）している

毎月の給与から差し引かれる所得税額は、実はその時点で確定した最終的な税額ではありません。

日本の所得税は、納税者本人が税額を計算して申告する「申告納税制度」が基本です。
しかし、会社員などの給与所得者の利便性と税収の安定を考慮し、企業が給与支払いのたびにおおよその税額を天引きする「源泉徴収」の仕組みが採られています。

「見込み額」を精算する仕組み

月々の徴収額は、その時点での給与が1年間継続すると仮定し、国税庁の「源泉所得税額表」に基づいて算出された「見込み額」に過ぎません。

一方で、1年の間には以下のようなさまざまな変動要因が発生します。

これらの要因をすべて反映させ、1月1日から12月31日までの総所得に対する正しい税額を算出する手続きが、12月末に行われる「年末調整」です。

担当者は、毎月の源泉徴収が「仮の計算」であることを正しく理解しておく必要があります。
月々の計算を適正に行うことは、年末調整での過不足を最小限に抑え、従業員に不利益を与えないための大切な責任といえます。

住民税との違い（前年課税か現年課税か）

給与から控除される主な税金には、所得税のほかに「住民税」があります。
これら二つは、課税のタイミングと計算方法が根本的に異なります。

最も大きな相違点は、税金が「いつの所得」に対して課されるかというタイミングです。

実務上の負担も大きく異なります。

項目	所得税（源泉所得税）	住民税（個人住民税）
課税方式	現年課税（当月の収入に対して課税）	前年課税（前年の所得に対して課税）
計算の主体	会社（源泉徴収税額表を使用）	市区町村（通知された額を会社が控除）
税額の決定時期	給与支払の都度	毎年6月に新税額が決定
変動の有無	毎月の支給額や扶養人数で変動する	原則として1年間（6月〜翌5月）一定
精算手続き	年末調整による過不足精算が必要	原則として給与計算での精算は不要

住民税が「通知通りに引く作業」であるのに対し、所得税は「会社が自ら計算する業務」です。
この現年課税ならではの複雑さが、給与計算ミスの最大の要因となります。担当者にとって、月々の所得税計算こそが最も正確性を求められるポイントといえます。

【5ステップ】給与の所得税計算の流れと計算式

所得税を正確に計算するには、法律で定められた順序を厳守する必要があります。

実務でよくある間違いが、「総支給額にそのまま税率を掛けてしまう」というケースです。
実は、支給額すべてに税金がかかるわけではありません。
正しい税額を導き出すためには、以下の5つのステップを踏む必要があります。

1. 「課税支給額」を確定する（通勤手当に注意）

給与計算の第一歩は、総支給額を「所得税がかかるもの（課税）」と「かからないもの（非課税）」に正しく分けることです。

基本給に加え、以下の手当は原則としてすべて課税対象となります。

最も注意が必要なのが通勤手当です。
所得税法上の「非課税限度額」までは税金がかかりませんが、限度額を超えた分は課税支給額に合算しなければなりません。

片道の通勤距離	2025年4月からの非課税限度額（月額）	2025年3月までの限度額（参考）
2km未満	全額課税	同左
2km以上 10km未満	4,200円	4,200円
10km以上 15km未満	7,300円	7,100円
15km以上 25km未満	13,500円	12,900円
25km以上 35km未満	19,700円	18,700円
35km以上 45km未満	25,900円	24,400円
45km以上 55km未満	32,300円	28,000円
55km以上	38,700円	31,600円

通勤手当の非課税枠は、利用する手段によって上限が決められています。

実務のヒント 自家用車通勤が多い企業では、給与計算ソフトの設定が最新の税制（2025年改正後）に対応しているか、必ず再確認しておきましょう。

2. 「社会保険料」を控除する

課税支給額が決まったら、次にそこから「社会保険料」を差し引きます。
所得税は、健康保険料などの「法律で支払いが義務付けられている金額」を除いた、従業員が実際に使える金額に対して課税される仕組みだからです。

以下の4種類を合算したものが、所得税の計算対象から除外されます。

この差し引き後の金額を「社会保険料等控除後の給与等の金額」と呼びます。
源泉徴収税額表を確認する際のもっとも重要な数値です。

実務でもっとも間違いやすいのが、計算の「元になる金額」の取り扱いです。

• 雇用保険料の計算： 「総支給額（非課税の通勤手当含む）」が基礎
• 所得税の計算： 「課税支給額（非課税の通勤手当除外）」から社会保険料を引く

この順序や対象を混同すると、基準額が数円単位でズレてしまいます。
基準額が1円でも違えば、税額表で参照する「行」が変わり、誤った税額を徴収することになるため、細心の注意が必要です。

3. 「扶養親族の数」を確認する

源泉徴収税額表の「横軸」を決定するために、従業員の**「扶養親族等の数」**を確定させます。これは、従業員から提出された「扶養控除等（異動）申告書（マル扶）」の情報に基づいて判断します。

所得税法上の定義に基づき、以下の人数を合計します。

もっとも間違いやすいのが、16歳未満の子供（年少扶養親族）の扱いです。

実務担当者の目チェック 「16歳未満だから一律ゼロ」と判断せず、障害者控除欄にチェックがないか必ず精査しましょう。ここを見落とすと、従業員に本来適用されるべき控除が漏れてしまいます。

4. 「源泉徴収税額表」に当てはめて税額を算出

「基準額」と「扶養人数」が揃ったら、国税庁の「源泉徴収税額表（月額表）」を使って、今月の所得税額を割り出します。

1. 行を探す： 表の左端にある「給与等の金額」の列から、算出した基準額が該当する範囲（〇〇円以上△△円未満）を見つけます。
2. 列を探す： 表の上部にある「扶養親族等の数」から、該当する人数を選びます。
3. 交点を確認： 行と列が交わった場所に記載されている金額が、今月徴収すべき所得税額です。

実務担当者が特に注意すべき2つのポイント

1.「甲欄」と「乙欄」の区分は絶対に間違えない

• 甲欄： 「扶養控除等申告書」の提出がある従業員（メインの勤務先）
• 乙欄： 申告書の提出がない従業員（副業先など）

乙欄は甲欄よりも税額がかなり高く設定されています。ここを間違えると徴収額が数倍変わってしまうため、申告書の提出有無は必ず再確認してください。

2.高額給与の場合は「計算式」を使用

基準額が税額表の末尾にある上限額（例：100万円超など）を超える場合は、表の欄外に記載されている算出式（例：基準額 × 〇％ － △円）を使って個別に計算する必要があります。

5. 賞与（ボーナス）の計算は別ルールなので注意

賞与（ボーナス）の所得税計算は、月々の給与計算とは全く異なる「専用のルール」が適用されます。
年に数回しか発生しない業務のため、ミスが起きやすいポイントでもあります。

賞与から差し引く所得税は、月額表ではなく「賞与に対する源泉徴収税額の算出率の表」を使用します。
最大の特徴は、「前月の給与額」によって税率が決まるという点です。

担当者へのアドバイス 賞与計算の際は「今月の賞与額」だけで判断せず、必ず「前月の給与データ」を正確に準備してから進めましょう。

ここを間違えるとミスになる！税額表の「甲欄・乙欄」の違い

源泉徴収税額表には「甲」「乙」「丙」の3つの区分が存在しますが、通常の実務において特に重要なのは「甲欄」と「乙欄」の使い分けです。

この選択を誤ることは、税務調査における代表的な指摘事項の一つです。
正しく徴収できていない場合、企業にとっては大きなコンプライアンスリスク（追徴課税など）を招く恐れがあります。

「たかが表の列が違うだけ」と軽視せず、従業員ごとに適切な区分を適用できているか、常に最新の申告書と照らし合わせる仕組み作りが不可欠です。

「甲欄」：扶養控除等申告書を提出している従業員

甲欄を適用するかどうかの判断基準は、その年の最初の給与支払日までに「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」が提出されているか、この一点に尽きます。

甲欄が適用されると、計算上以下のような特徴があります。

正社員や、掛け持ちをしていないパート・アルバイトは原則としてこの区分に該当します。

担当者が意識すべき視点：実務担当者にとって、申告書の回収は単なる書類集めではありません。甲欄という優遇された計算を適用するための「法的ライセンス」を得る作業です。提出がないまま甲欄で計算してしまうと、税務調査で源泉徴収不足を指摘される原因となるため、徹底した回収管理が求められます。

「乙欄」：掛け持ち・副業・未提出の従業員

乙欄は、以下のいずれかに該当する従業員に適用される区分です。

乙欄適用による2つの大きな影響

1. 税率が極めて高い
   甲欄に比べ、徴収額が大幅に高く設定されています。
   • 例：社会保険料控除後の給与が10万円（扶養0人）の場合
     • 甲欄： 720円
     • 乙欄： 3,060円 このように、同じ給与額でも徴収額に数倍の差が出ることがあります。
2. 年末調整ができない
   乙欄の従業員に対し、会社が年末調整を行うことは法律で禁じられています。従業員本人が確定申告を行い、払い過ぎた税金の還付を受ける必要があります。

「給与が少ないから税金はかからないだろう」と判断し、申告書がないまま甲欄で計算するのは危険です。

後からその従業員が他社でメインの仕事をしていたことが発覚した場合、税務署から「徴収漏れの税額」を遡って納付するよう命じられるのは会社側です。
こうしたリスクを避けるためにも、入社時の「扶養控除等申告書」の回収、または「乙欄適用」の判断を徹底しましょう。

2025年（令和7年）以降の所得税計算の注意点

2025年の税制改正や定額減税を経て、給与計算のルールは大きく変化しました。
2026年の実務を正確に進めるには、これらの改正内容を正しく把握し、最新の基準へと常にアップデートし続けることが不可欠です。 

ここでは、担当者が今こそ見直すべき重要ポイントと、事務負担を軽減するコツを簡潔に解説します。

定額減税の対応と事務負担

2024年の「定額減税」は複雑な事務を強いられましたが、2025年の所得税計算は通常の体制に戻ります。

ただし、住民税については引き続き以下の2点に厳重な注意が必要です。

• 住民税の徴収サイクル: 2024年度分の住民税は、定額減税の影響で「6月分が0円、残り11ヶ月で分割」という変則的なサイクルになっています。2025年5月までは、通知された減税後の税額を正確に控除し続ける必要があります。
• 高所得者の配偶者に対する特例: 所得1,000万円超の納税者の配偶者（同一生計配偶者）については、事務上の都合で2025年6月から住民税の1万円減税が適用されます。このタイミングで再び税額が動くため、対象者の把握が不可欠です。

これらのイレギュラーな動きを把握していないと、従業員からの「税額が急に変わった」という問い合わせに回答できず、不信感を招く原因になります。
各時期の切り替わりを正しく理解しておきましょう。

最新の税額表を使用すること

所得税の計算に使う「源泉徴収税額表」は、国税庁から毎年更新されたものが公表されます。2026年（令和8年）分の実務においては、例年以上の注意が必要です。

新年度最初の給与計算までにこれらの更新を終えていないと、全従業員の所得税額を誤るリスクがあります。
法改正の過渡期である今、「最新版の適用」を最優先で確認しましょう。

扶養控除等申告書の「簡易な申告」制度

前年から扶養親族などの内容に変更（異動）がない場合に限り、記載事項を大幅に簡略化した「簡易な申告書」（氏名、住所、マイナンバーの記載と「異動がない旨」の余白への記載）の提出が認められています。

制度のメリット

• 従業員側： 毎年同じ情報を書き込む手間がなくなります。
• 会社側： 前年分との照合作業が不要になり、チェック時間を大幅に短縮できます。

運用上の注意点とリスク

利便性が高い一方で、「本当に変更がないか」の確認が漏れるリスクには注意が必要です。

• 16歳への到達： 子供が成長し、新たに控除対象（16歳以上）となるケース。
• 収入の変化： 家族のアルバイト収入が増え、扶養から外れるケース。

これらは従業員本人が「変更なし」と思い込みやすく、そのまま簡易版で提出されると1年間の所得税計算を誤る原因となります。
制度を活用しつつも、重要な変更基準を周知する社内アナウンスを徹底しましょう。

所得税計算のミスを防ぐには？システム導入とアウトソーシング

所得税の計算は複雑な要因が絡み合うため、「間違えて当然」と言われるほど難易度の高い業務です。
特に人的リソースの限られた現場では、担当者一人に責任が集中し、チェック機能が働きにくいという課題もあります。

実務上のリスクを最小限に抑えるために、ミスが起きやすいポイントとその対策を改めて確認していきましょう。

給与計算ソフトでも「設定ミス」は起こりうる

クラウド給与計算ソフトの普及により効率化が進んでいますが、ソフトはあくまで「入力されたデータ」を処理するツールです。
計算ロジックを理解していないと、入力ミスや設定漏れが重大なエラーに繋がります。

システム過信の落とし穴：ソフトが防げない「3つのミス」

システムを使いこなすには、担当者が「なぜこの金額になるのか」という計算の根拠を理解していることが不可欠です。
ロジックを把握してこそ、ソフトの異常や入力ミスを早期に発見できます。

複雑な税務・年末調整はプロに任せるのが安心

複雑な所得税計算や度重なる法改正、そして年末調整という膨大な事務作業をすべて自社で完結させることは、多大なコストと経営リスクを伴います。

そこでおすすめしたいのが、専門家による給与計算アウトソーシングの活用です。

株式会社Aimペイロールエージェンシーは、社会保険労務士などの専門家集団がバックアップする体制を整えており、単なる「入力代行」とは一線を画すサービスを提供しています。

比較項目	自社で行う場合のリスク	Aimのアウトソーシングによる解決
正確性と法適合性	担当者の知識不足による徴収漏れや計算ミス	給与計算実務能力検定の有資格者による厳格な計算と社労士による法的担保
業務の継続性	担当者の退職や急な不在で給与が止まるリスク	専任チーム制により、担当者が変わっても高品質なサービスを維持
最新情報の適応	定額減税や通勤手当改正など、最新情報の追従が遅れる	専門機関として常に最新の法改正情報をキャッチし、自動的に運用へ反映
情報セキュリティ	マイナンバーや給与額など、センシティブな情報の漏洩	ISO/IEC 27001取得の強固なセキュリティ体制で機密情報を保護

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• 柔軟なオーダーメイドプラン: 計算工程のチェックに特化したコンサルティングから、フルアウトソーシングまで、企業のフェーズに合わせて選択可能です。
• 網羅的なサポート: 年末調整や住民税の更新、入退社時の社会保険手続きまで一括して任せることができます。

企業の成長に合わせて最適なサポートを受けられるため、担当者は本来注力すべき基幹業務に専念できるようになります。

まとめ

所得税の計算は、単なる「天引き」の事務作業ではありません。所得税法という厳格なルールに基づいた、緻密な情報収集と判定の積み重ねです。

ミスを未然に防ぎ、正確な実務を実現するためのポイントは以下の3点に集約されます。

所得税計算に少しでも不安を感じる方や、毎月のチェック作業が本来のコア業務を圧迫していると感じる経営者・人事担当者の方は、一度プロの視点による診断を受けることを強くおすすめします。

所得税計算は「課税対象」と「扶養人数」の把握がカギ。不安な場合は専門家へ

所得税の計算ミスで最も大きな影響を受けるのは、従業員本人です。
後から多額の税金を遡って徴収される事態は、従業員の生活設計を狂わせ、会社への不信感に直結します。

こうした「未然に防げるトラブル」を回避し、正確な労務管理を実現するには、社労士などの専門家の知見を活用することが賢明な選択です。

株式会社Aimペイロールエージェンシーでは、全国の企業を対象に給与計算をサポートしています。

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正確な給与計算は、従業員との信頼関係を築く第一歩であり、企業の持続的な成長を支える強固な土台となります。
まずは自社の体制を見直す手段として、お気軽にお問い合わせください。